空調系統(tǒng)是動物房設計中極為重要的組成部分，空調系統(tǒng)設計的合理與否將直接影響到動物房的室內環(huán)境，進而影響動物實驗結果的準確性和可靠性。
一、防止交叉污染
對于動物房的空調系統(tǒng)，根據(jù)動物房的特點均采用全空氣中央空調系統(tǒng)，動物房中的動物飼養(yǎng)室及實驗室等容易造成交叉污染的區(qū)域采用直流式全新風的系統(tǒng)，對于走廊、貯藏室等區(qū)域從節(jié)能方面考慮，一般采用循環(huán)回風的方式，但要求考慮采取避免交叉污染的措施。
二、溫濕度
在設計過程中應根據(jù)動物的要求設定室內的溫度及相對濕度以及控制精度。不同種類的動物對溫濕度有不同的要求，特別是對溫度。例如裸鼠由于無毛，環(huán)境溫度-般比大小鼠高出1~2℃。而且動物房的室內溫濕度一般是全年恒定的，特別是屏障環(huán)境和隔離環(huán)境必須滿足這個要求。對于不同室內溫濕度要求的區(qū)域最好設置為其服務的獨立的空調系統(tǒng)，但實際上往往不能滿足這樣的要求。為了解決這個問題，目前常用的方式是在送風末端設置再加熱器和再加濕器，對各不同溫濕度要求的區(qū)域的溫度和相對濕度進行微調。
有觀點認為，普通環(huán)境可不設空調.僅需通風。但如果不設空調，飼養(yǎng)室溫濕度處于失控狀態(tài)，無法滿足規(guī)范對溫濕度的要求。
三、空氣潔凈度與換氣次數(shù)
1.普通環(huán)境：換氣次數(shù)8~10次。
2.屏障環(huán)境：空氣潔凈度為10,000級，換氣次數(shù)10~20次。
3.隔離環(huán)境：空氣潔凈度為100級，換氣次數(shù)20~50次。
規(guī)范給出了不同室內環(huán)境的換氣次數(shù)要求，但是關于這一點似有值得商榷之處，作為潔凈室的送風量按照潔凈廠房設計規(guī)范，10,000級的換氣次數(shù)應在15~25次，100級則應采用0.2m/s~0.5m/s來計算送風量，因為必須要有這么多的風量才能將：室內的塵粒帶走，達到所要求的潔凈級別，特別對于100級還必須要有特定的單向流氣流流型，否則不能達到100級的空氣潔凈度要求。
四、室內細菌數(shù)的控制
1.普通環(huán)境：雖然規(guī)范并未對普通環(huán)境規(guī)定空氣潔凈度要求，但規(guī)范規(guī)定了普通環(huán)境落下菌數(shù)≤30個/皿。因此對進人普通環(huán)境的空氣也需進行適當?shù)倪^濾處理。在使用過程中普通環(huán)境不能采用開窗操作方式，否則落下菌數(shù)可能不達標。另外，有時業(yè)主會要求將普通環(huán)境的空氣潔凈度按10萬級設計。
2.屏障環(huán)境和隔離環(huán)境：空氣潔凈度分別按1萬級和100級設計。在規(guī)范所列的環(huán)境指標及檢測項目中并無浮游菌一項，但浮游菌也應該是屏障環(huán)境和隔離環(huán)境的重要指標。在測定動物房靜態(tài)環(huán)境指標時，可參照《藥品生產(chǎn)質量管理規(guī)范》的要求，采用浮游生物微粒測定器來檢測空氣中的浮游微生物。隔離環(huán)境主要是通過無菌隔離器來實現(xiàn)的.隔離器裝有無菌進出通風系統(tǒng)，內部保持一定高壓并裝有溝通內外而不破壞內部無菌環(huán)境的通道。
五、 壓強梯度
1.普通環(huán)境：普通環(huán)境無壓強梯度要求，但考慮到防止動物房異味的散發(fā)(有時動物房會與其它區(qū)域布置在同一樓層)，需在適當位置設置相對正壓的氣閘室或將飼養(yǎng)室設為相對負壓。
2.屏障環(huán)境：
(1)雙走廊布置：雙走廊布置的壓強梯度為：清潔走廊→前室→飼養(yǎng)室→緩沖室→污走廊清潔走廊、飼養(yǎng)室、污走廊之間每級壓差>20Pa，清潔走廊壓強最高。飼養(yǎng)室與清潔走廊之間的前室的壓強可與清潔走廊相同或以> 10Pa遞減，即清潔走廊→前室→飼養(yǎng)室，每級壓差> 10Pa；飼養(yǎng)室與污走廊之間的緩沖室，其壓強梯度為飼養(yǎng)室→緩沖室→污走廊，每級壓差> l0Pa。污走廊壓強最低。這樣的梯度控制可以保證清潔走廊的潔凈，從而確保滅菌后的籠具等物品以及檢疫后清潔的動物不會受到在運行中的其它飼養(yǎng)室空氣的影響。當某一飼養(yǎng)室的空氣因各種原因被污染后，通過上述壓差梯度的控制，污染空氣泄至污走廊而被排出，進人該飼養(yǎng)室的人員也應遵循單向的原則，在處理工作完成后從污走廊走出，從而將污染控制在最小范圍內。
(2)單走廊布置：根據(jù)規(guī)范，屏障環(huán)境當保證飼養(yǎng)室、實驗室壓強最高時可采用單走廊布置。單走廊布置在一般情況下并不適用于屏障環(huán)境，原因在于①由于單走廊不分清潔走廊與污走廊，動物排泄的污物和動物尸體等廢棄物與滅菌后的清潔物品及檢疫后清潔的動物共用一條走廊輸送，很難保證不發(fā)生交叉污染。②由于飼養(yǎng)室壓強最高，當某一飼養(yǎng)室發(fā)生空氣被污染的情況時，污染空氣波壓至走廊，而各種清潔物品及動物也在走廊內運送，由此增加了被污染的可能。③由于當發(fā)生污染時人員無法進行單向走動，人員的進出也會將污染性的微粒帶至走廊，進而影響到其它飼養(yǎng)室的環(huán)境。單走廊布置的屏障環(huán)境可能適用于小規(guī)模、進行短期動物實驗的動物房或采用IVC裝置+轉換柜方式的動物房。
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